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食用菌制種和栽培過程中，經常遭到病害和雜菌的襲擊，造成劣質、減產，甚至絕收。就食用菌病害來說，分為兩種。
**種，侵染性病害，也稱傳染性病害。主要包括競爭性雜菌、真菌性病害、細菌性病害和**性病害等。其中危害*多的是競爭性雜菌，簡稱雜菌，常見有木霉、鏈孢霉、青霉、曲霉、毛霉、根霉、酵母菌、細菌、放線菌等。其特點是污染培養基質，在基質上與食用菌菌絲競爭生長，爭奪養分和生存空間，并**食用菌菌絲生長，導致菌種制作失敗或栽培減產，甚至絕收。
**種，生理性病害。主要是指由于生長環境不合適如通風差、濕度大等，造成的菌絲體或子實體生長出現的異常現象。
對待食用菌病害，首先，應*大限度地杜絕病害的發生——預防之策;其次，應盡力控制病害的蔓延——發病之初;第三，防止產生新的污染源——治則徹底。
食用菌接種設備較多，常用的比較大型的設備主要有：接種室、接種箱、超凈工作臺和簡易接種帳等。
①接種室。接種室是專門用于接種的相對無菌的小房間。接種室的大小以建筑面積6-10平方米左右為宜。要求結構必須嚴密：墻壁和地面要平整、光滑，便于擦洗、消毒;室內設有操作臺、紫外線燈和日光燈;接種室的外面還應該設有緩沖間，供工作人員換衣服、鞋帽和洗手等服務工作用。采用接種室接種的特點是空間較大，操作方便，接種速度快，但消毒效果較差，而且刺激性氣味大。
②接種箱。接種箱類似于小型無菌室，它是用木板和玻璃制成的、可以密閉的箱子，容量大小約1立方米左右，每次接種量約60-80瓶，是生產上*常用的小型接種設備。接種箱的長度約140-150厘米、寬度80-90厘米、整體高度150-160厘米左右(箱體高度約80厘米左右)。接種箱的上部裝有能啟閉的玻璃窗;木板的側面開有兩個直徑為15厘米左右的圓孔，裝有套袖，操作時，可以防止外界雜菌進入;在圓孔外側設有活動擋板，以便不用或熏蒸時密封：必要時可在箱內頂部安裝紫外線燈和日光燈各一盞。接種箱的優點是成本低，便于徹底消毒，而且移動方便，適合制備各級菌種;接種時，雙手在箱內操作，對人刺激性氣味小，夏季接種也不會感到悶熱。缺點是容量較小，操作有些不便。
③超凈(凈化)工作臺。室內空氣經超凈工作臺過濾器層層過濾除塵凈化后，通過均壓層，以層流狀態使操作區環境潔凈、無菌。接種時操作方便、舒適，但容量小，成本高。適合于母種、原種、栽培種及栽培袋的接種。超凈工作臺有單人、雙人和三人，單人單面、雙人雙面等各種類型，可根據生產規模和需要到專業生產單位購買。
