無菌室在消毒處理后，無菌試驗前及操作過程中需檢查空氣中菌落數，以此來判斷無菌室是否達到規定的潔凈度，常有沉降菌和浮游菌測定方法。
以無菌方式將3個營養瓊脂平板帶入無菌操作室，在操作區臺面左、中、右各放1個；打開平板蓋，在空氣中暴露30min后將平板蓋好，置36℃士1℃培養48h，取出檢查，3個平板上生長的菌落數平均小于1個。
用專門的采樣器，并配有流量計和定時器，嚴格按說明書操作并定時校檢。
使用時，先開動真空泵抽氣，調節流量、轉盤、轉速。關閉真空泵，放入培養皿，蓋上采樣器蓋子后調節縫隙高度。全部采樣結束后，將培養皿置36℃士1℃培養48h，取出檢查，浮游菌落數平均不得超過5個/m3。每批培養基應選定3只培養皿做對照培養。
定期或當無菌室設施發生重大改變時，要按國家標準GB/T 16292-2010《醫藥工業潔凈室（區）懸浮粒子的測試方法》進行潔凈度再驗證，保存驗證原始記錄，定期歸檔保存，并將驗證結果記錄在無菌室使用登記冊上，作為實驗環境原始依據及趨勢分析資料。并定期對無菌室的環境檢測數據進行趨勢分析和評估。
定期更換新的紫外燈管、
更換凈化系統的初效、中效、高效頭
定期更換新的紫外燈管，以確保紫外燈管滅菌持續有效。并同時在使用登記本上做好更換記錄，定期歸檔保存。至少2年1次，或按無菌室驗證實際情況，定期更換初效、中效、高效頭。
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