胡蘿卜分叉是主根(肉質根)生長受到抑制而不定根生長的結果。正常情況下，不定根只有吸收水分和養分的作用，但如果胡蘿卜的主根受到破壞或生長受阻，不定根就會累積養分而膨大。
引起胡蘿卜肉質根分叉的原因主要有以下五方面：
1、種子質量
陳種子生活力較弱，發芽不良，影響到幼根先端的生長，有的胚根受到破壞，易產生分叉；雨季收獲的種子由于授粉不良，易形成無胚或胚發育不良的種子，播種這些種子，肉質根易產生分叉。
2、土壤
土壤中有碎石、磚、瓦塊、樹根等堅硬物阻礙主根生長，會產生分叉；耕作層淺而堅硬的地塊主根易生長受阻，促使不定根生長發育，產生分叉。
3、施肥
施肥過量或施肥不均勻，有可能導致胡蘿卜根尖部位土壤EC值過高，主根的根尖受高濃度的土壤離子濃度影響而促使不定根生長引起胡蘿卜分叉。
4、管理不當
澆水不合理，在胡蘿卜主根膨大期如果遇干旱天氣而不澆水，會使土壤過度堅硬而主根下扎不下去形成分叉，這點在澆水時澆不透水或地勢較高處分叉現象表現尤其明顯。
5、地下害蟲為害
螻蛄、蠐螬等地下害蟲對胡蘿卜的主根咬食，使主根受到破壞，促使不定根生長造成分叉。
防止胡蘿卜肉質根分叉的方法：
1、選擇肉質根順直耐分叉的優質高產品種，如日本新黑田五寸人參、紅譽五寸等。
2、購種時要選擇新鮮飽滿發育完全的種子。
3、地塊要深耕細耙，深耕不淺于25～30厘米，縱橫細耙2～3次，力爭土細；整地時不要漏耕漏耙，特別是地邊地頭。同時要注意撿出地里的碎磚、瓦、石塊和樹根等雜物。
4、要注意關鍵時期合理澆水，澆水時做到澆透，切記澆“跑馬水”。
5、有機肥要充分腐熟，施肥時要力爭撒施均勻。
6、注意及時防治地下害蟲，避免其為害。
