有機蔬菜生產與常規蔬菜生產的根本不同在于病蟲草害和肥料使用的差異，其要求比常規蔬菜生產高。
1、微肥不宜施用量過大。蔬菜施用微肥，可使蔬菜優質高產，但微肥施用量要適當，施用量過大會對蔬菜產生危害。
2、硝酸銨和其它硝態氮肥一般不宜施用于蔬菜。因為硝態氮肥會使蔬菜中的硝酸鹽含量增加，硝酸鹽在人體中容易被還原成亞硝酸鹽，對人體危害較大。
3、葉菜類蔬菜忌葉面噴施氮肥。因為蔬菜葉面噴施氮肥后，其銨離子與空氣接觸后，易轉化為酸根離子，被葉片吸收，加上葉菜類蔬菜生育期短，很容易使硝酸鹽積累在葉內，人們食用后容易引起食物中毒。
4、氯化銨、氯化鉀等含氯化肥不宜施用于番茄、馬鈴薯、胡蘿卜、白蘿卜、紅薯、山藥、球莖茴香等。因為含氯化肥在土壤中分解后，銨或鉀離子會被土壤吸附或被蔬菜吸收，濃度達到一定程度時會對蔬菜根系產生危害，嚴重時會造成蔬菜死亡。
