目前蘋果生產中存在的主要問題有：
1.單產低。全國蘋果單產870多公斤，相當于世界先進國家的1／3―1／5。增產空間很大。
2.果實品質整體較差。表現為果小，果形不正、著色差、過面不光潔、含糖量低、農藥殘留量高等。
3.栽培制度落后，果園管理粗放。矮化密植是果園的現代化栽培體系，我國還在沿用管理復雜、投入產出比低，集約化機械化程度低的喬砧密植制度。果園的肥水管理、花果管理、整形修剪等方面，投入不足，重視不夠，管理粗放。影響了產量、品質和效益的提高。
4.品種結構不合理，缺乏自主品種。表現在早熟品種少，中晚熟品種比重大，鮮食多，缺少專用加工品種。
5.產業進程慢。主要表現在生產者素質及技術水平有待提高，技術普及率低，果實采后商品化處理及貯藏、加工環節薄弱，缺乏產業龍頭，產業鏈條脆弱。
