隨著高通量測序技術的發展，不同茶樹種質資源的組學數據呈爆發式增長。為實現茶樹種質資源基因型的數字化鑒定與管理，中國農業科學院茶葉研究所聯合麗水市農林科學研究院、韓國國立園藝與草本研究院、阿塔圖爾克大學等單位，開發完成茶樹基因組變異數據庫TeaGVD。相關成果以TeaGVD: a comprehensive database of genomic variations for uncovering the genetic architecture of metabolic traits in tea plants為題，發表在Frontiers in Plant Science（《植物科學前沿》）上。
該數據庫整合鑒定超過7,000多萬的基因組變異位點、1,229份茶樹資源的基因型數據、464種代謝物的表型數據和17,974個基因型-表型關聯位點。該數據庫主要用于茶樹種質資源基因組變異（SNP和InDel）的數字化管理與大數據在線分析，能夠根據基因組位置、基因信息、材料比較、基因或變異編號等不同的策略檢索基因組SNP和InDel。通過本平臺還能夠實現茶樹種質資源的代謝表型查詢及GWAS分析，快速挖掘性狀相關的SNP和InDel位點。此外，本平臺還整合了在線Blast、序列提取、引物設計、群體遺傳分析等工具。
茶樹基因組變異數據庫為茶樹種質資源的創新利用與共享提供了一個友好的平臺，將推動茶樹育種進入數字化、智慧化設計育種新時代。
該研究在國家重點研發計劃、浙江省自然科學基金、浙江省農業新品種選育重大科技專項等項目的資助下完成。我所陳亮研究員與姚明哲研究員為共同通訊作者，陳杰丹副研究員與麗水市農林科學研究院何衛中研究員為共同第一作者。
日期：2022-12-07
該數據庫整合鑒定超過7,000多萬的基因組變異位點、1,229份茶樹資源的基因型數據、464種代謝物的表型數據和17,974個基因型-表型關聯位點。該數據庫主要用于茶樹種質資源基因組變異（SNP和InDel）的數字化管理與大數據在線分析，能夠根據基因組位置、基因信息、材料比較、基因或變異編號等不同的策略檢索基因組SNP和InDel。通過本平臺還能夠實現茶樹種質資源的代謝表型查詢及GWAS分析，快速挖掘性狀相關的SNP和InDel位點。此外，本平臺還整合了在線Blast、序列提取、引物設計、群體遺傳分析等工具。
茶樹基因組變異數據庫為茶樹種質資源的創新利用與共享提供了一個友好的平臺，將推動茶樹育種進入數字化、智慧化設計育種新時代。
該研究在國家重點研發計劃、浙江省自然科學基金、浙江省農業新品種選育重大科技專項等項目的資助下完成。我所陳亮研究員與姚明哲研究員為共同通訊作者，陳杰丹副研究員與麗水市農林科學研究院何衛中研究員為共同第一作者。
日期：2022-12-07
