一、物料流動
使污染最小化的最簡單有效手段是采用單向流程設計。這樣，下游產品不會接觸加工過程中的上游材料，也不會迂回通過上游加工過程。
1、原輔材料的接收與貯存的隔離
原材料可能以不同的方式到達工廠，且需進行隔離。
卡車或軌道車運送的含大量過敏原的材料、散裝有機材料、液體散裝物料：必須單獨儲存，最好使用專用設備處理。
木質托盤裝運的貨物：接收時應將貨物從木制托盤轉移到塑料托盤。因為木托盤不能進行消毒，并且容易攜帶各種類型的攜帶物，可能污染食品輔料或成品。木托盤必須存放在隔離的存儲區域以待退回。
手工添加輔料：手工添加成分可以在加工的任何時候添加，需要單獨存儲，不與其他原材料或過程材料共享加工路徑或設備。
包裝材料：應使用專用設備處理，并存放在指定的倉庫。
2、原輔材料從倉庫到加工場所的隔離
原輔料的整個使用周期包括：
批量接收到倉庫
從倉庫到車間生產周轉區（緩沖區、暫存區）
從車間生產周轉區（緩沖區、暫存區）到加工場所
在整個過程應對所有原輔料進行驗證，以消除產品中那些不可使用的輔料污染產品的可能性。驗證可以消除與實際輔料本身相關的交叉污染，如過敏原偶然進入無過敏原的產品。
3、加工過程的隔離
工廠加工過程的原輔材料應遵循從倉庫到加工場所的單獨路線。不同類型的原輔料必須分離，例如非過敏原與過敏原，非有機與有機等，以避免交叉污染。
4、設備布局與設計
設備布局與降低污染至關重要。必須在設備周圍和不同設備之間留有足夠的間隙，以便進行清潔和拆卸維護。
產品經生產設備（如烘干機、蒸煮機等）加工后存在生熟、干濕或冷熱差異時，對于此類生產設備，應考慮設計成加工前后的物料“直通不交叉”操作，即加工前的物料入口和加工后的物料出口應處于相對方向，而不是常見的加工前的物料入口和加工后的物料出口處于同一端。“直通不交叉”的設計能夠實現衛生隔離。
設備衛生設計應注意事項：
是否采用不銹鋼材質并留有足夠的空間進行清潔？
是否消除了容易滋生微生物的角落和縫隙？
是否避免了在產品通過設備內部的路徑中有突出部分？
是否易于拆卸以便清潔？
設備清潔后是否能夠達到微生物污染限量水平？
5、生產線隔離
生產線的清潔是必須的。通常采用沖洗或吹掃程序操作，但這項活動很可能影響到鄰近區域。這個問題的最佳解決方案是生產線本身的隔離。
在生產線之間設置墻或其他污染物不可滲透的物理屏障。這樣，可將一條線路從生產過程中隔離，用于維護、衛生，甚至移除和替換，而不影響設施中的相鄰區域。這也將使過敏原和非過敏原產品線彼此相鄰運行。
6、維護工具和設備的分類存儲
工具可能成為污染傳播的載體。維修區、原料區、加工區、包裝區，應考慮以下領域工具使用的隔離設計：
必要時，應考慮配套維護工具和設備的消毒設施。
7、化學隔離
化學品儲存區經常被忽視。
設施中使用的化學品應按使用地區分類，并應控制這些化學品的使用。
二、人員流動
工廠人員是移動的，并且可以成為過程之間的污染的傳播者。人員使用的工具也可成為污染物的運輸載體。人員的移動，例如在休息室中，可能使污染源從一個工人傳播至另一名工人。為防止人員和他們用于執行任務的工具和設備受到意外的污染，需要進行衛生隔離。
人員流動性可能是交叉污染的主要來源，工廠的設計和操作程序應按員工責任區域和相關的福利區進行隔離。
可以采用：彩色編碼工作服、工作服配上可識別的標志、維護人員隔離措施等方式進行人員隔離
如何讓維護人員不接觸某些特定地區？控制服裝和鞋類是最好的解決方案。如果設定某些特定區域（如：原輔料區、加工區、包裝區、倉儲區）穿著的鞋子和衣服只能限制于本區域，當維修人員更換區域時，需要更換相應區域的專用衣服和鞋類。
三、休息辦公區域
工廠的休息辦公區包括：更衣室、洗手間、休息室和辦公室。
為了避免工廠區域的交叉污染，原輔料接收區、加工區、包裝區、維護區、倉儲區，需要時可配備專門的休息辦公區域。
休息辦公區如更衣室、休息室等不應直接通向產品加工區。需要將這些區域與設施的操作區域隔離開來。
四、環境控制
環境控制會影響生產車間的氣流、溫度和濕度，如果設計不當，氣流可能攜帶污染物流通整個車間。
1、空氣處理系統
對于需要環境致病菌控制的區域，如原輔料接收區至加工區、包裝區、維護區、倉儲區，應考慮獨立的空氣處理系統。
機械通風系統的進氣口不得臨近加工區的排氣口位置，避免排出的污染物經由進氣口再進入車間。
對于需要環境致病菌控制的清潔區（如即食產品的冷卻、加工、包裝區），應考慮設計為正壓，并且進入的外部空氣應經過適當的高效空氣過濾器（需要定期更換過濾介質），使得相鄰區域的污染物滲透最小化。
福利區域應設計為負壓。當門打開時，這些區域中的污染物不會擴散出去，并且排氣扇應遠離加工區域的任何進氣口。
2、水及廢水
水是食品工廠中許多加工過程的基本配料，但如果水進入不屬于它的地方，則可能成為污染物的滋生地，特別是當水從原輔料區域流向加工區和成品區。
地板的設計應能將水從加工區域帶走并將其引向地下水道，不應有積水。
保持工廠干燥的設計才安全。
3、工廠周邊區域
工廠的地址不應鄰近垃圾填埋場、污水處理廠、煉油廠、垃圾場或任何其他可產生空氣污染物的設施附近。
設計應避免植被與工廠接觸。樹木和灌木應保持整潔，遠離工廠。
墻壁、地板和天花板上的所有開口都應密封，以防止污染物和害蟲進入。
室外燈可以吸引許多類型的昆蟲，室外燈遠離工廠建筑物。
4、加工廢物
所有食品加工廠都會產生廢物。工廠設計應考慮關于廢物的安全處置問題，必須采用分離的路線來處理加工區的廢物。這些路線應盡可能避免通過原料區、加工區或成品區。
使污染最小化的最簡單有效手段是采用單向流程設計。這樣，下游產品不會接觸加工過程中的上游材料，也不會迂回通過上游加工過程。
1、原輔材料的接收與貯存的隔離
原材料可能以不同的方式到達工廠，且需進行隔離。
卡車或軌道車運送的含大量過敏原的材料、散裝有機材料、液體散裝物料：必須單獨儲存，最好使用專用設備處理。
木質托盤裝運的貨物：接收時應將貨物從木制托盤轉移到塑料托盤。因為木托盤不能進行消毒，并且容易攜帶各種類型的攜帶物，可能污染食品輔料或成品。木托盤必須存放在隔離的存儲區域以待退回。
手工添加輔料：手工添加成分可以在加工的任何時候添加，需要單獨存儲，不與其他原材料或過程材料共享加工路徑或設備。
包裝材料：應使用專用設備處理，并存放在指定的倉庫。
2、原輔材料從倉庫到加工場所的隔離
原輔料的整個使用周期包括：
批量接收到倉庫
從倉庫到車間生產周轉區（緩沖區、暫存區）
從車間生產周轉區（緩沖區、暫存區）到加工場所
在整個過程應對所有原輔料進行驗證，以消除產品中那些不可使用的輔料污染產品的可能性。驗證可以消除與實際輔料本身相關的交叉污染，如過敏原偶然進入無過敏原的產品。
3、加工過程的隔離
工廠加工過程的原輔材料應遵循從倉庫到加工場所的單獨路線。不同類型的原輔料必須分離，例如非過敏原與過敏原，非有機與有機等，以避免交叉污染。
4、設備布局與設計
設備布局與降低污染至關重要。必須在設備周圍和不同設備之間留有足夠的間隙，以便進行清潔和拆卸維護。
產品經生產設備（如烘干機、蒸煮機等）加工后存在生熟、干濕或冷熱差異時，對于此類生產設備，應考慮設計成加工前后的物料“直通不交叉”操作，即加工前的物料入口和加工后的物料出口應處于相對方向，而不是常見的加工前的物料入口和加工后的物料出口處于同一端。“直通不交叉”的設計能夠實現衛生隔離。
設備衛生設計應注意事項：
是否采用不銹鋼材質并留有足夠的空間進行清潔？
是否消除了容易滋生微生物的角落和縫隙？
是否避免了在產品通過設備內部的路徑中有突出部分？
是否易于拆卸以便清潔？
設備清潔后是否能夠達到微生物污染限量水平？
5、生產線隔離
生產線的清潔是必須的。通常采用沖洗或吹掃程序操作，但這項活動很可能影響到鄰近區域。這個問題的最佳解決方案是生產線本身的隔離。
在生產線之間設置墻或其他污染物不可滲透的物理屏障。這樣，可將一條線路從生產過程中隔離，用于維護、衛生，甚至移除和替換，而不影響設施中的相鄰區域。這也將使過敏原和非過敏原產品線彼此相鄰運行。
6、維護工具和設備的分類存儲
工具可能成為污染傳播的載體。維修區、原料區、加工區、包裝區，應考慮以下領域工具使用的隔離設計：
必要時，應考慮配套維護工具和設備的消毒設施。
7、化學隔離
化學品儲存區經常被忽視。
設施中使用的化學品應按使用地區分類，并應控制這些化學品的使用。
二、人員流動
工廠人員是移動的，并且可以成為過程之間的污染的傳播者。人員使用的工具也可成為污染物的運輸載體。人員的移動，例如在休息室中，可能使污染源從一個工人傳播至另一名工人。為防止人員和他們用于執行任務的工具和設備受到意外的污染，需要進行衛生隔離。
人員流動性可能是交叉污染的主要來源，工廠的設計和操作程序應按員工責任區域和相關的福利區進行隔離。
可以采用：彩色編碼工作服、工作服配上可識別的標志、維護人員隔離措施等方式進行人員隔離
如何讓維護人員不接觸某些特定地區？控制服裝和鞋類是最好的解決方案。如果設定某些特定區域（如：原輔料區、加工區、包裝區、倉儲區）穿著的鞋子和衣服只能限制于本區域，當維修人員更換區域時，需要更換相應區域的專用衣服和鞋類。
三、休息辦公區域
工廠的休息辦公區包括：更衣室、洗手間、休息室和辦公室。
為了避免工廠區域的交叉污染，原輔料接收區、加工區、包裝區、維護區、倉儲區，需要時可配備專門的休息辦公區域。
休息辦公區如更衣室、休息室等不應直接通向產品加工區。需要將這些區域與設施的操作區域隔離開來。
四、環境控制
環境控制會影響生產車間的氣流、溫度和濕度，如果設計不當，氣流可能攜帶污染物流通整個車間。
1、空氣處理系統
對于需要環境致病菌控制的區域，如原輔料接收區至加工區、包裝區、維護區、倉儲區，應考慮獨立的空氣處理系統。
機械通風系統的進氣口不得臨近加工區的排氣口位置，避免排出的污染物經由進氣口再進入車間。
對于需要環境致病菌控制的清潔區（如即食產品的冷卻、加工、包裝區），應考慮設計為正壓，并且進入的外部空氣應經過適當的高效空氣過濾器（需要定期更換過濾介質），使得相鄰區域的污染物滲透最小化。
福利區域應設計為負壓。當門打開時，這些區域中的污染物不會擴散出去，并且排氣扇應遠離加工區域的任何進氣口。
2、水及廢水
水是食品工廠中許多加工過程的基本配料，但如果水進入不屬于它的地方，則可能成為污染物的滋生地，特別是當水從原輔料區域流向加工區和成品區。
地板的設計應能將水從加工區域帶走并將其引向地下水道，不應有積水。
保持工廠干燥的設計才安全。
3、工廠周邊區域
工廠的地址不應鄰近垃圾填埋場、污水處理廠、煉油廠、垃圾場或任何其他可產生空氣污染物的設施附近。
設計應避免植被與工廠接觸。樹木和灌木應保持整潔，遠離工廠。
墻壁、地板和天花板上的所有開口都應密封，以防止污染物和害蟲進入。
室外燈可以吸引許多類型的昆蟲，室外燈遠離工廠建筑物。
4、加工廢物
所有食品加工廠都會產生廢物。工廠設計應考慮關于廢物的安全處置問題，必須采用分離的路線來處理加工區的廢物。這些路線應盡可能避免通過原料區、加工區或成品區。
