Small RNA是一類長度在20～30nt的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA和piRNA等。Small RNA能夠調控基因的表達，在細胞的生長、發育、代謝等基礎生物學過程中扮演著重要的角色，甚至在等相關疾病形成過程中起著關鍵的作用。第二代高通量測序技術省去了煩瑣的Small RNA克隆文庫構建過程，可以一次性產生上百萬條Small RNA序列，能夠快速鑒定特定條件下表達的已知Small RNA并發現新的Small RNA，同時還可以研究不同條件下Small RNA的表達差異，并可以聯合表達譜數據進行關聯分析。
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