鏈特異性轉錄組是研究有參考基因組物種轉錄組的一種有效手段。相對于傳統轉錄組測序而言，鏈特異性轉錄組測序可以確定兩條鏈的轉錄方向性，為基因的進一步注釋和功能分析提供更準確的信息，同時還可以挖掘轉錄組中的non-coding RNA信息。原核生物鏈特異性轉錄組項目中，可以挖掘新的ncRNA與反義（antisense）轉錄本；還可以進行基因結構的研究，例如操縱子鑒定，為基因網絡調控的研究提供有力支持。本產品推薦選用Illumina測序平臺。
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