第一、二、三方審核的比較：
都屬體系審核的范疇
都要遵循質量和環境審核指南的要求
都可以將有關法律、法規、標準作為審核準則
都由獨立于受審核方之外的審核員進行
都用來確定體系的符合性和有效性
整個審核的組織安排大體相當
第二方審核有理由將特定的要求向供方提出
審核員在不同審核中扮演角色不同
在審核目的、重點、依據的先后次序上，提建議的能力大小上，對受審核方的影響力、審核時間上存在著一定差別，見表：
都屬體系審核的范疇
都要遵循質量和環境審核指南的要求
都可以將有關法律、法規、標準作為審核準則
都由獨立于受審核方之外的審核員進行
都用來確定體系的符合性和有效性
整個審核的組織安排大體相當
第二方審核有理由將特定的要求向供方提出
審核員在不同審核中扮演角色不同
在審核目的、重點、依據的先后次序上，提建議的能力大小上，對受審核方的影響力、審核時間上存在著一定差別，見表：
| 審核方式 | 第一方審核 | 第二方審核 | 第三方審核 |
| 審核目的 | 改進自身HACCP體系，提高自身安全控制水平 | 決定是否批準簽訂購貨合同 | 決定是否批準對某一組織的認證注冊 |
| 審核內容 | GMP、SSOP、HACCP計劃和記錄 | GMP、SSOP、HACCP計劃和記錄 | GMP、SSOP、HACCP計劃和記錄 |
| 審核重點 | 發現問題，采取糾正措施 | 尋找與審核依據相符合的客觀證據 | 尋找與審核依據相符合的客觀證據 |
| 審核依據次序 | 1HACCP體系文件 2法律法規 3顧客合同 | 1顧客合同 2相關標準 3法律法規 4 HACCP體系文件 | 1通用標準 2法律法規 3 HACCP體系文件 4 顧客合同 |
| 提建議能力 | 很大（永遠有提建議的權利） | 取決與顧客方針和合同的大小 | 不提 |
| 影響力 | 表面上很小，實際上很大 | 取決與合同的大小及顧客的管理水平 | 表面上很大，實際上很小 |
| 審核時間 | 自己掌握，較充足 | 事先約定 | 按照有關規定執行，通常只有幾天 |
| 審核范圍 | 可以靈活掌握 | 按合同約定 | 審核組長與受審核方共同約定 |
