有機農業防治病蟲草害的原則是采用的品種及耕作栽培措施必須保證農作物所受病蟲草害危害造成的損失最低。在目前的非有機農業生產中，還普遍存在著植保工作忽視綜合治理的傾向。在農業生產中，只要能增加產量的措施(如采用高產而不抗病蟲的品種、過量的施肥、密植等)就推廣。而很少考慮這些措施推廣后對病蟲草害的發生是否有利？某些措施的推廣改變了農田局部的生態條件，常導致病蟲草害的猖獗。為防治病蟲草害不得不使用化學農藥，造成農產品中農藥殘留的超標和對環境的污染。有機農業則是重點采用適應當地環境的抗(耐)病蟲品種，平衡的施肥，培育有較高生物活性的土壤，合理的輪作間作方法等，通過這些措施改變病蟲草的生態需要來調控病蟲草的發生，將農作物受病蟲草的危害降低到最低的程度。
有機農業中防治病蟲采用的方法是：
1、采用合適的能抑制病蟲草害發生的耕作栽培措施，如采用抗(耐)病蟲品、合理的輪作、平衡施肥、調整播種期、覆蓋等；
2、保護和利用病蟲、雜草的天敵；
3、采用國際有機作物改良協會(OCIA)認證委員會允許使用的可以用來控制病蟲草害的植物源、動物源、微生物源、礦物源農藥；
4、可以使用熱消毒、隔離、色素引誘等物理措施；
5、有機農業生產中不允許使用人工合成的除草劑、殺菌劑、殺蟲劑、植物生長調節劑和其他農藥，不允許使用甘因工程生物或其產物。
