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一、菌種的概念
食用菌的菌種，相當于高等植物的種子。在自然界中，食用菌是靠孢子來繁殖后代的，人工栽培食用菌時，孢子雖然是它的種子，但生產上都不用孢子進行直接播種，而是用孢子、組織和寄主上獲得的純菌絲體作為播種材料。因此，通常生產上所用的菌種，實質上是經過人工培養并進一步繁殖所獲得的食用菌純菌絲體。一般以試管、玻璃瓶、塑料袋等容器包裝。
菌種的質量直接關系到產量的高低和栽培的成敗。菌種質量好，加上合理的栽培管理，就容易獲得高產穩產;菌種質量差，難于獲得高產，甚至絕收。因此，優質的食用菌菌種，是廣大菇農栽培食用菌獲得高效益的先決條件。
二、菌種的類型
1.菌種的分級
菌種根據使用的培養基不同和用途不同，分為母種、原種和栽培種(也稱生產種)三級，并相應地分別稱為一級種、二級種和三級種。
(1)母種。是生長在瓊脂固體培養基試管斜面上的菌種，可直接轉接原種。來源有三個：用各種育種手段得到;直接從子實體本身(組織及孢子)或菇木(耳木)分離得到;從國內外引進的包裝在試管或培養皿中的菌種。因母種的培養容器和使用單位多數為規格不一的玻璃試管，便于觀察、鑒別，且易于保藏，也稱為試管種或一級菌種。
(2)原種。是把培養好的一級菌種接種到木屑、棉籽殼、麥草、稻草、谷粒等為主的楷體培養基中擴大培養所得到的種，常以透明的玻璃瓶或塑料瓶為容器，也稱為瓶裝種或二級菌種。原種主要用于菌種的擴大培養，有時也可直接出菇。
(3)栽培種(生產種)。是為適應大規模栽培(生產)的需要，由二級菌種擴大培養而得到的菌種，常以塑料袋為培養容器，也稱為袋裝種或三級菌種。栽培種一般只用于生產，不能用于再擴大繁殖菌種，否則會導致生活力下降，菌種退化，給生產帶來減產或嚴重損失。
2.菌種的類型
食用菌的種型主要分為固體菌種和液體菌種兩類。
(1)固體菌種。是在固體斜面培養基上培養得到的菌種。根據培養原料的不同可分為下面多種：
①瓊脂等菌種。常用的有瓊脂、馬鈴薯、葡萄糖培養基(簡稱PDA培養基)，胡蘿卜培養基等。
②木屑菌種。是以木屑為培養基主要原料制備的菌種。香菇、木耳、銀耳等菇類常用木屑菌種作原種或栽培種。
③谷粒菌種。是以小麥、大麥、燕麥、黑麥、玉米、高粱、谷子等禾谷類種子為主要原料制備的菌種，其中以小麥*常用。麥粒菌種具有菌絲生長快，生活力強等優點，但要注意防止老鼠偷食。
④糞草菌種。是以糞、草為主要原料制備的菌種。糞草可以發酵，也可不經發酵。它是蘑菇、草菇等菇類常用的菌種類型。
⑤木塊菌種。是以圓柱形、錐形或楔形小木塊為主要原料制備的菌種。用于銀耳、木耳、香菇等的段木生產和代料人造菇木生產上。
(2)液體菌種。是采用液體培養基，接入菌種，經培養而得到的菌種，菌絲體在液體中呈絮狀或球狀。液體菌種采用搖瓶培養和深層發酵技術培養，具有發菌快，周期短，菌齡一致等優點，但所需設施比較昂貴，目前尚未在生產上大面積應用。
