腸桿菌科有一些共同特性，比如都是革蘭氏陰性小桿菌，好氧或兼性厭氧，沒有芽孢。
| 屬 | 代表種 | 致病性 |
| 埃希氏菌屬 （Escherichia） | 大腸埃希氏菌 (E.coli) | 腸道外感染， 急性腹瀉 |
| 志賀氏菌屬 （Shigella） | 痢疾志賀氏菌 (Sh.dysenteriae) | 細菌性痢疾 |
| 愛德華氏菌屬 （Edwardsiella） | 遲純愛德華氏菌 (E.tarda) | 蛇類等血動物的正常腸道寄居菌，偶見于健康人或腹瀉者糞便內 |
| 沙門氏菌屬 （Salmonella） | 傷寒沙門氏菌 (S.typhi) | 腸熱癥、急性腸炎、敗血癥 |
| 枸櫞酸桿菌屬 (Citrobacter) | 弗勞地氏枸櫞酸桿菌 (C.freundii) | 條件致病菌，引起繼發性感染 |
| 克雷伯氏菌屬 (Klebsiella) | 肺炎克雷伯氏菌 (K.pneumoniae) | 肺炎，泌尿系、創傷感染 敗血癥等 |
| 腸桿菌屬 (Enterobacter) | 產氣桿菌 (E.aerogenes) | 很少引起原發性感染 |
| 哈夫尼亞菌屬 (Hafnia) | 蜂窩啥夫尼亞菌 (H.alvei) | 對人無致病性 |
| 沙雷氏菌屬 (Serrati) | 粘質沙雷氏菌 (S.marcescens) | 條件致病菌，引起泌尿系， 呼吸道及創傷感染 |
| 變形桿菌屬 (Proteus) | 普通變形桿菌 (P.vulgaris) | 食物中毒，泌尿系、呼吸道感染 等 |
| 耶爾森氏菌屬 (Yersinia) | 鼠疫耶爾森氏菌 (Y.pestis) | 鼠疫 |
| 歐文氏菌屬 (Erwinia) | 草原居民歐文氏菌 (E.herbicola) | 植物寄生菌，曾從人體腸道及化膿扁桃體中分離到 |
