中國科學院東北地理與農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所馮獻忠研究員課題組聯(lián)合菲沙基因等單位選擇1份東北野生大豆、7份我國代表性栽培種，結(jié)合平均50×的三代測序和Hi-C測序，完成組裝了高質(zhì)量大豆參考基因組。組裝的8個大豆基因組大小范圍為986.1-1001.3Mb，Contig N50=1.4-6.1Mb，BUSCO完整性評估為96.7%-97.3%；結(jié)合同源注釋、從頭注釋、轉(zhuǎn)錄組輔助注釋，在8個大豆中注釋得到57286-58392個基因。
基于8個高質(zhì)量的大豆基因組，研究團隊鑒定到了186-427萬個SNP，44-92萬個InDel，11750-25330個大的InDel，706–3006個易位事件，200–413個倒位事件。在野生大豆中鑒定到60個栽培大豆中缺失或變短的基因，以及野生大豆種質(zhì)缺失或變短但在栽培中存在的185個基因。
本研究以 “Eight soybean reference genome resources from varying latitudes and agronomic traits” 為標題在Scientific Data 上發(fā)表，為大豆結(jié)構(gòu)變異與遺傳育種研究提供了新的參考基因組。此研究受到了國家科技部國家重點研發(fā)項目、中國科學院重點研究項目及泰山學者項目專項基金等項目的資助。
日期：2021-07-14
基于8個高質(zhì)量的大豆基因組，研究團隊鑒定到了186-427萬個SNP，44-92萬個InDel，11750-25330個大的InDel，706–3006個易位事件，200–413個倒位事件。在野生大豆中鑒定到60個栽培大豆中缺失或變短的基因，以及野生大豆種質(zhì)缺失或變短但在栽培中存在的185個基因。
本研究以 “Eight soybean reference genome resources from varying latitudes and agronomic traits” 為標題在Scientific Data 上發(fā)表，為大豆結(jié)構(gòu)變異與遺傳育種研究提供了新的參考基因組。此研究受到了國家科技部國家重點研發(fā)項目、中國科學院重點研究項目及泰山學者項目專項基金等項目的資助。
日期：2021-07-14
