近日，中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所南海漁業(yè)資源調(diào)查與評(píng)估團(tuán)隊(duì)和南海珍稀瀕危動(dòng)物保護(hù)團(tuán)隊(duì)在利用環(huán)境DNA（eDNA）技術(shù)解析河口魚類多樣性和魚類群落時(shí)空差異方面取得新進(jìn)展。該研究成果論文以“Comparison of environmental DNA metabarcoding and bottom trawling for detecting seasonal fish communities and habitat preference in a highly disturbed estuary”為題發(fā)表在國(guó)際生態(tài)學(xué)領(lǐng)域期刊Ecological Indicators（JCR Q1）上。蔣佩文為第一作者，陳作志與李敏為通訊作者。
河口魚類是河口生態(tài)系統(tǒng)的重要組成部分，在人類活動(dòng)日益加劇的背景下，魚類多樣性和群落結(jié)構(gòu)的監(jiān)測(cè)越來越凸顯其重要性。然而河口海域水深較淺、航線較多和水體渾濁等，現(xiàn)有的一些調(diào)查手段常常受到一些限制。研究團(tuán)隊(duì)在之前建立的河口海域eDNA富集方案（DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2021.331；DOI:10.12131/20210304）和珠江河口本底魚類eDNA宏條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)（DOI:10.12131/20210210）的基礎(chǔ)上，利用eDNA宏條形碼研究了珠江口伶仃洋的魚類物種組成、群落時(shí)空差異以及與環(huán)境因子的關(guān)系，并與底拖網(wǎng)調(diào)查方法進(jìn)行了比較。
該研究于秋季和春季在珠江河口的10個(gè)監(jiān)測(cè)點(diǎn)同時(shí)進(jìn)行了底拖網(wǎng)捕撈、水體采樣和環(huán)境因子測(cè)量。水體樣本過濾后提取eDNA，利用MiFish-U/E引物進(jìn)行線粒體12SrRNA基因（約172bp）的擴(kuò)增、建庫(kù)、測(cè)序和OTU注釋，通過數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì)獲得魚類物種組成。主要結(jié)果有：1. eDNA方法在每個(gè)采樣點(diǎn)均比底拖網(wǎng)明顯檢出更多的物種，總體上eDNA共檢出214種魚類（底拖網(wǎng)90種），同時(shí)eDNA檢測(cè)種類的相對(duì)豐度與魚類物種豐度/生物量之間存在顯著相關(guān)性。魚類生態(tài)習(xí)性分析表明，eDNA可以檢出因傳統(tǒng)漁網(wǎng)網(wǎng)目大小限制而漏檢的小型魚類，使魚類群落生態(tài)特征更加完整；2.兩種方法均檢測(cè)到魚類種類的季節(jié)更替，即春季和秋季魚類群落存在顯著差異，eDNA方法檢測(cè)到的顯著性比底拖網(wǎng)更強(qiáng)。3. eDNA與底拖網(wǎng)一樣均揭示了魚類群落組成差異隨著地理距離的增加而顯著增加。上述結(jié)果表明在河口生態(tài)系統(tǒng)中，特別是傳統(tǒng)調(diào)查方法存在困難的情況下，eDNA宏條形碼可作為一種重要的補(bǔ)充手段甚至替代方法應(yīng)用于魚類群落的季節(jié)性變化和空間分布變化的監(jiān)測(cè)，提升評(píng)估河口生態(tài)系統(tǒng)中魚類群落結(jié)構(gòu)的能力，在漁業(yè)研究領(lǐng)域和生態(tài)環(huán)境監(jiān)測(cè)領(lǐng)域具有很好的應(yīng)用前景。
該研究得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃（2018YFD0900906）、中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院中央級(jí)公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)（2020TD05、2021SD01、2021SD18）等項(xiàng)目資助。
論文鏈接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1470160x22012274
日期：2023-01-05
河口魚類是河口生態(tài)系統(tǒng)的重要組成部分，在人類活動(dòng)日益加劇的背景下，魚類多樣性和群落結(jié)構(gòu)的監(jiān)測(cè)越來越凸顯其重要性。然而河口海域水深較淺、航線較多和水體渾濁等，現(xiàn)有的一些調(diào)查手段常常受到一些限制。研究團(tuán)隊(duì)在之前建立的河口海域eDNA富集方案（DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2021.331；DOI:10.12131/20210304）和珠江河口本底魚類eDNA宏條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)（DOI:10.12131/20210210）的基礎(chǔ)上，利用eDNA宏條形碼研究了珠江口伶仃洋的魚類物種組成、群落時(shí)空差異以及與環(huán)境因子的關(guān)系，并與底拖網(wǎng)調(diào)查方法進(jìn)行了比較。
該研究于秋季和春季在珠江河口的10個(gè)監(jiān)測(cè)點(diǎn)同時(shí)進(jìn)行了底拖網(wǎng)捕撈、水體采樣和環(huán)境因子測(cè)量。水體樣本過濾后提取eDNA，利用MiFish-U/E引物進(jìn)行線粒體12SrRNA基因（約172bp）的擴(kuò)增、建庫(kù)、測(cè)序和OTU注釋，通過數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì)獲得魚類物種組成。主要結(jié)果有：1. eDNA方法在每個(gè)采樣點(diǎn)均比底拖網(wǎng)明顯檢出更多的物種，總體上eDNA共檢出214種魚類（底拖網(wǎng)90種），同時(shí)eDNA檢測(cè)種類的相對(duì)豐度與魚類物種豐度/生物量之間存在顯著相關(guān)性。魚類生態(tài)習(xí)性分析表明，eDNA可以檢出因傳統(tǒng)漁網(wǎng)網(wǎng)目大小限制而漏檢的小型魚類，使魚類群落生態(tài)特征更加完整；2.兩種方法均檢測(cè)到魚類種類的季節(jié)更替，即春季和秋季魚類群落存在顯著差異，eDNA方法檢測(cè)到的顯著性比底拖網(wǎng)更強(qiáng)。3. eDNA與底拖網(wǎng)一樣均揭示了魚類群落組成差異隨著地理距離的增加而顯著增加。上述結(jié)果表明在河口生態(tài)系統(tǒng)中，特別是傳統(tǒng)調(diào)查方法存在困難的情況下，eDNA宏條形碼可作為一種重要的補(bǔ)充手段甚至替代方法應(yīng)用于魚類群落的季節(jié)性變化和空間分布變化的監(jiān)測(cè)，提升評(píng)估河口生態(tài)系統(tǒng)中魚類群落結(jié)構(gòu)的能力，在漁業(yè)研究領(lǐng)域和生態(tài)環(huán)境監(jiān)測(cè)領(lǐng)域具有很好的應(yīng)用前景。
該研究得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃（2018YFD0900906）、中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院中央級(jí)公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)（2020TD05、2021SD01、2021SD18）等項(xiàng)目資助。
論文鏈接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1470160x22012274
日期：2023-01-05
