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硒蛋白（selenoprotein），是含硒的蛋白的簡寫。通常的理解誤區是－－認為只有含有硒半胱氨酸殘基的蛋白質才是硒蛋白，或硒蛋白只含有 硒半胱 氨酸殘基。事實上，只有硒酶（selenoenzyme）幾乎都是以硒半胱氨酸殘基作為催化中心的硒蛋白，而不是所有的硒蛋白都具有催化功能。

所以嚴格意義上，硒蛋白主要分以下兩類:含有硒半胱氨酸的硒蛋白絕大多數情況下，硒半胱氨酸是承載硒元素最主要的方式，硒半胱氨酸也因其重要性被稱作第21個氨基酸，在哺乳動物體 內參與蛋白組成，所以這種情況下硒蛋白也就是含有硒半胱氨酸的蛋白。例如，哺乳動物體系的硫氧還蛋白還原酶就是屬于硒蛋白，硒半胱氨酸是借助摻硒輔助元 件，通過UGA中止密碼子介導的、特異性的編碼合成。含有硒甲硫氨酸的硒蛋白硒以硒甲硫氨酸或硒蛋氨酸為主要結合態存在于糧食中。雖然硒甲硫氨酸參入蛋白質合成可能是隨機過程，但是含有硒甲硫氨酸的蛋白也稱為硒蛋白。

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