木瓜酶是一種運用很廣泛的植物蛋白酶，，安全無毒素，在食品加工業中應用廣泛，屬于食品添加劑，已在啤酒釀造和肉類嫩化等行業被普遍應用。
可利用酶促反應，使食品的蛋白質水解成小分子肽或氨基酸。可制成嫩肉粉、酒類澄清劑、餅干松化劑、面條穩定劑、口服液、保健產品。能有效地轉化蛋白質的利用，降低成本，且能大大提高食品營養價值。可在啤酒生產中麥芽糖化時添加，提高a-氨基氮效果顯著，有利于提高發酵水平，改善啤酒風味。
木瓜酶在食品加工業的應用
1、焙烤食品：將木瓜酶加入生面團中，可使面筋降解，生面團被軟化后易于加工。并能提高餅干與面包的口感與品質。
2、啤酒釀造：木瓜酶對蛋白質有較強的分解能力，并能把水解物重新組合成類蛋白，是其它酶種沒法比擬的。木瓜酶應用于啤酒釀造工藝流程中能降低麥芽用量，提高麥汁氨基氮（提供酵母生產氮源），促進發酵雙乙酰的降解，使啤酒澄清防凍、阻止冷藏過程中啤酒冷濁形成，效果顯著。
3、干酪：用于干酪素的凝結。
4、肉類的嫩化：木瓜酶將肉類蛋白質的大分子蛋白質水解為易吸收的小分子氨基酸和蛋白質。可廣泛地應用于肉制品的精加工（制成牛排肉坯、雞精等）、肉類的嫩化、處理老韌筋雜肉類等。
5、蛋與蛋制品：保證干燥性。
6、水產品的深加工：水解珍珠等。
7、淀粉糖工業：原料經液化后，加入木瓜酶，原料保溫糖化。
8、木瓜酶在其它食品加工業中的應用，亦正在被廣泛地研究與開發，如有人已經用木瓜酶來增加豆餅和豆粉的PDI值和NSI值，從而生產出可溶性蛋白制品及含豆粉的早餐、谷類食物和飲料。其它還有生產脫水豆類、嬰兒食品和人造黃油；澄清蘋果汁；制造軟糖；為病人提供可消化的食品；給日常食品添味等。
木瓜酶在餅干生產中的應用簡介
木瓜酶可以在餅干生產中的得到運用。除木瓜酶外，其它蛋白質水解酶也有助于餅干的生產。
生產硬餅干，宜用低蛋白含量的小麥面粉（WHEANT FLOUR）。這種低面筋指標的“軟”面粉需要加的水要少一些才能得到一個較理想的揉性。由“硬”面粉制成的生面團，在滾輾和磋打時會趨于蜷縮，導致成品也有一定程度的皺紋，結構粗糙。
將“木瓜酶”加入生面團中，可使面筋降解，生面團被軟化后易于加工。加入的酶量決定于放置的時間。生面團必須在加酶后15分鐘內烘烤。酶的濃度太高或者放置的時間太長，都會使生面團的水分變多。
除了增進產品的質量外，使用木瓜酶還能減少對生面團必須的滾輾磋打，節約能源。
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