不同的食品工廠由于產品種類不同，故污染的霉菌種類也有所差異。共同的污染源可能來自于水、通風良否、操作人員與食品原料。
1）高濕度和水汽引起的霉菌污染
高濕度場所的霉菌污染，濕度高于85-90%的環境，霉菌會生長很快。食品加工過程中常產生大量水汽，易造成墻壁潮濕及冷凝水形成的情況。木質及混凝土結構的建材也會附著霉菌，故食品工廠內，宜少用木質的物體。
2）空氣流動傳播的霉菌污染
霉菌通過空氣流動傳播，生產車間空氣凈化效果不理想導致外界霉菌入侵。在建筑物的構造中，應保持通風才不易產生霉菌。在一些通風不良的地方，由于原料附著以及使用易吸濕的混凝土、木材及纖維等材質時，一旦有霉菌生長時，霉菌孢子會四散飛揚，其蔓延速度非常快速，直接或間接的污染成品、輸送帶、機械與操作人員手指等處。當工廠旁為果園，果實成熟開始腐爛長霉時，空氣中的霉菌也特別多，此時也易造成工廠內空氣的污染。 在濕度高及通風不良的場所，可看見枝孢霉、交鏈孢霉等霉菌生長。
3）水環境中的霉菌污染
一些水槽、水桶、水管、自來水的水、自來水管、地板與底板等處, 由于長期貯水, 所以污染情形特別常見。如，車間地面、明溝、氣帽有積水潮濕;冷凝水的管路、墻壁、天花板、空調口等;生產過程產生的液體廢棄物未及時清理出車間;離墻離地近的設備表面、潮濕墻面、冷風機容易產生冷凝水滋生霉菌。
4）人員、物料不潔的霉菌污染
操作人員和物料也是霉菌的污染源。包材的污染，如瓦楞紙箱，包裝或罐裝食品的包裝袋、包裝瓶、瓶蓋等生產過程防護不當造成的霉菌污染，進入車間的人員手部消毒不徹底、不潔凈衣物、物料不潔凈帶入霉菌。
5）食品原料的霉菌污染
食品原料中一些殼粉原料、畜肉、糖質原料、蔬菜與水果等所含的霉菌，在工廠內的加工過程中四處飛散，往往造成工廠內的霉菌污染。在肉品加工廠內的瓷磚上污染的霉菌，主要為PhomaAureobasidium(為空氣中的霉菌) 。在面包制造廠的攪拌機的外壁上，可發現黑色斑點狀的霉菌，此類霉菌為殼粉原料中的主要霉菌———曲霉。
霉菌污染的防治措施：
1）溫濕度控制
控制車間的溫度和濕度，溫度在24度以下，濕度在55%以下，因為過高的溫濕度會促進霉菌的生長。必要時應裝設有效的換氣設施,班中每2小時用風機及時將含有大量水分的空氣排出車間， 以防止室內溫度過高、蒸汽凝結或異味等發生。
2）化學處理
消毒劑噴霧消毒是制造食品時防止霉菌與細菌污染常用的方法，每天班前、班后對車間內部墻壁、風機、下水道、案面、手部、圍裙套袖、墻壁、下水道實施消毒劑噴灑，殺滅霉菌。 對于制造環境的天花板、壁面與地板等，為防止霉菌污染，應采用防腐蝕、抗霉菌與防止結露的施工及材料。
3）紫外線照射或臭氧處理
人員的工作服、更衣室等，必須保持衛生清潔，定期清洗和進行紫外線或臭氧殺菌30分鐘以上，防止人為造成霉菌的交叉污染(不可在有人情況下殺菌)。紫外線對霉菌孢子的殺菌效果有，可適當配合無殘留的高效消毒劑噴霧等方法進行處理。
4）潔凈室
在食品工廠內的加熱后放冷至包裝階段，為需防止外部浮游菌侵入和落菌的污染，設置潔凈室，利用空氣導入設施，將可達到空氣潔凈化，減少污染的目的。亦可采用動態在線干霧噴淋消毒裝置，防止潔凈室污染。
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