近年來，全球經濟一體化進一步加強，現代物流、電子商務、即時生產、零庫存等新的管理理念和生產營銷方式對傳統的加工貿易產生了巨大的沖擊。海關、企業積極合作，推進加工貿易監管模式的改革，已初步形成了一套與我國國情基本適應的加工貿易海關監管制度。
由于客觀的歷史原因，我國至今仍未出臺一部關于加工貿易管理的行政法規，現行的加工貿易海關監管法規體系主要由《海關法》和一系列管理辦法以及海關總署制定的規范性文件等三部分構成。從整個法規體系構成來看，加工貿易海關監管立法工作已明顯滯后于業務的發展。《辦法》在總結二十余年來海關加工貿易監管實踐經驗基礎上，整合了現行加工貿易海關監管的有關規定，是加工貿易海關監管的最基本的管理辦法。《辦法》適應加工貿易不斷發展變化的形勢，明確了加工貿易海關監管的核心是加工貿易貨物，引入了以企業為單元的管理理念，具有較強的前瞻性。
《辦法》新在哪？
該《辦法》對加工貿易業務進行了系統、全面的規定，涉及加工貿易備案、變更（包括展期）、貨物進出口和加工、料件退換、外發加工、余料結轉、深加工結轉、核銷等基本業務環節，是迄今為止關于加工貿易海關監管最為系統、最為完善的海關規章。
在強調原則性的同時，《辦法》較好地解決了可操作性的問題。《辦法》總結了海關監管的實踐經驗，本著既利于海關監管，又便于企業操作的精神，整合、規范了加工貿易海關的監管規定和措施。
《辦法》突破了傳統的思維，明確了海關監管的是加工貿易貨物，而不是加工貿易合同。加工貿易手冊，包括紙制登記手冊和計算機電子帳冊都只是海關監管的載體。允許貨物在加工貿易企業、保稅倉庫（出口監管倉庫）、海關特殊監管區域之間流動，同時對深加工結轉、余料結轉等形式進出口也做出了規定。
2000年修改的《海關法》第33條規定，加工貿易貨物包括保稅貨物和先征后退貨物。此次《辦法》明確提出了“加工貿易”和“加工貿易貨物”的概念，這在海關加工貿易監管法規體系中尚屬首次。《辦法》分別對保稅和先征后退兩種進口稅收管理制度進行了規定。按《海關法》規定，企業經海關許可后可以對海關監管貨物進行抵押、質押、留置等處置。考慮到加工貿易貨物與其他海關監管貨物不同，一旦發生抵押、質押、留置等情形，企業將失去對該批貨物進行自主處置的能力，加工貿易合同將無法得到履行，海關監管受到影響，國家稅收存在流失風險。因此，在《辦法》規定，“加工貿易貨物不得抵押、質押、留置。”
目前，我國加工貿易管理實行保稅監管制度。從1995年開始，海關根據國務院規定，對加工貿易實行銀行保證金臺帳管理制度，有效地保障了國家稅收（關稅），但仍需進一步完善。《海關法》對海關要求企業提交擔保的范圍、方式已有原則性規定，因此，《辦法》規定海關對加工貿易實行擔保制度，規定了擔保適用的有關情形，規定了擔保的解除條件。
核查是加工貿易海關監管的手段，因此，《辦法》明確了海關“核查”的法律地位，保留了海關對企業進行勘驗、核查的權力，規定海關根據監管需要，可以對企業進行核查，企業應當予以配合。
加工貿易海關監管與企業管理密切聯系，《加工貿易和保稅監管改革指導方案》明確提出了：“將管理的著眼點從‘由物及人’轉到‘由人及物’，關注的重點從貨物轉到企業與貨物并重，建立健全‘四管’機制，重點放在企業自管”。《辦法》在這方面也做出了原則性規定，要求加工貿易企業須經海關注冊登記，按規定設置并向海關報送有關帳簿、報表和其他單證，為加工貿易監管模式改革提供了法律支持。
《辦法》總結了海關監管的實踐經驗，根據國家有關政策規定，列舉了加工貿易貨物的進、出口途徑，規定企業申報加工貿易貨物進出口時應填制相應的加工貿易貨物進出口專用報關單，規定企業報核時須向海關提交加工貿易貨物進出口專用報關單。
