根據安全性評價的需要，將轉基因微生物分為植物用轉基因微生物、動物用轉基因微生物和其它轉基因微生物。
一 、其它轉基因微生物安全評價
(一) 其它轉基因微生物安全性評價
1 受體微生物的安全性評價
1.1 受體微生物的背景資料：
1.1.1 學名、俗名和其他名稱；
1.1.2 分類學地位；
1.1.3 試驗用受體微生物菌株名稱；
1.1.4 是天然野生菌種還是人工培養菌種；
1.1.5 原產地及引進時間；
1.1.6 用途；
1.1.7 在國內的應用情況；
1.1.8 對人類健康或生態環境是否發生過不利影響；
1.1.9 從歷史上看，受體微生物演變成有害生物的可能性；
1.1.10 是否有長期安全應用的記錄。
1.2 受體微生物的生物學特性：
1.2.1 生育期和世代時間；
1.2.2 繁殖方式和繁殖能力；
1.2.3 適宜生長的營養要求；
1.2.4 在環境中定殖、存活和傳播擴展的方式、能力及其影響因素；
1.2.5 對人畜的致病性，是否產生有毒物質；
1.2.6 對植物的致病性；
1.2.7 其他重要生物學特性。
1.3 受體微生物的生態環境：
1.3.1 在國內的地理分布和自然生境，其自然分布是否會因某些條件的變化而改變；
1.3.2 生長發育所要求的生態環境條件，包括溫度、濕度、酸堿度、光照、空氣等；
1.3.3 是否為生態環境中的組成部分，對農田土壤、植被、陸地、草地、水域環境的影響；
1.3.4 是否具有生態特異性，如在環境中的適應性等；
1.3.5 與生態系統中其他微生物的生態關系，包括生態環境的改變對這種（些）關系的影響以及是否會因此而產生或增加對人類健康和生態環境的不利影響；
1.3.6 與生態系統中其他生物（植物和動物）的生態關系，包括生態環境的改變對這種（些）關系的影響以及是否會因此而產生或增加對人類健康或生態環境的不利影響。
1.3.7 對生態環境的影響及其潛在危險程度；
1.3.8 涉及到國內非通常種植（養殖）的動植物物種時，應詳細描述該動物（植物）的自然生境和有關其天然捕食者、寄生物、競爭物和共生物的資料。
1.4 受體微生物的遺傳變異：
1.4.1 遺傳穩定性；
1.4.2 質粒狀況，質粒的穩定性及其潛在危險程度；
1.4.3 轉座子和轉座因子狀況及其潛在危險程度；
1.4.4 是否有發生遺傳變異而對人類健康或生態環境產生不利影響的可能性；
1.4.5 在自然條件下與其他微生物（特別是病原體）進行遺傳物質交換的可能性；
1.4.6 在自然條件下與植物進行遺傳物質交換的可能性；
1.4.7 在自然條件下與動物進行遺傳物質交換的可能性。
1.5 受體微生物的監測方法和監控的可能性。
1.6 受體微生物的其他資料。
1.7 根據本辦法第十一條有關標準確定受體微生物的安全等級。
2 基因操作的安全性評價
2.1 轉基因微生物中引入或修飾性狀和特性的敘述。
2.2 實際插入或刪除序列的資料：
2.2.1 插入序列的大小和結構，確定其特性的分析方法
2.2.2 刪除區域的大小和功能。
2.2.3 目的基因的核苷酸序列和推導的氨基酸序列；
2.2.4 插入序列的拷貝數。
2.3 目的基因與載體構建的圖譜；載體的名稱和來源，載體特性和安全性，能否向自然界中不含有該類基因的微生物轉移。
2.4 載體中插入區域各片段的資料：
2.4.1 啟動子和終止子的大小、功能及其供體生物的名稱；
2.4.2 標記基因和報告基因的大小、功能及其供體生物的名稱；
2.4.3 其他表達調控序列的名稱及其來源（如人工合成或供體生物名稱）。
2.5 基因操作方法。
2.6 目的基因表達的穩定性。
2.7 目的基因的檢測和鑒定技術。
2.8 重組ＤＮＡ分子的結構、復制特性和安全性。
2.9 根據本辦法第十二條有關標準確定基因操作的安全類型。
3 轉基因微生物的安全性評價
3.1 轉基因微生物的生物學特性；應用目的；在自然界的存活能力；遺傳物質轉移到其他生物體的能力和可能后果；監測方法和監控的可能性。
3.2 轉基因微生物對人類的安全性。
3.2.1 人類接觸的可能性及其危險性，有可能產生的直接影響、短期影響和長期影響，對所產生的不利影響的消除途徑。
3.2.2 廣泛應用后的潛在危險性。
3.3 轉基因微生物對生態環境的安全性。
3.3.1 在環境中釋放的范圍、可能存在的范圍以及對環境中哪些因素存在影響；
3.3.2 影響轉基因微生物存活、增殖和傳播的理化因素；
3.3.3 轉基因微生物的穩定性、競爭性、生存能力、變異性以及致病性是否因外界環境條件的改變而改變。
3.4 轉基因微生物的檢測和鑒定技術。
3.5 根據本辦法第十三條有關標準確定轉基因微生物的安全等級。
4 其他轉基因微生物產品的安全性評價
4.1 轉基因微生物產品的穩定性。
4.2 生產、加工活動對轉基因微生物安全性的影響。
4.3 轉基因微生物產品與轉基因微生物在環境安全性方面的差異。
4.4 轉基因微生物產品與轉基因微生物在對人類健康影響方面的差異。
4.5 參照本辦法第十四條有關標準劃分其他轉基因微生物產品的安全等級。
(二) 其他轉基因微生物試驗方案
1 試驗地點
1.1 提供試驗地點的氣象資料、試驗地點的地形環境的一般性描述、標明試驗地點的示意圖。
1.2 試驗地周圍的生態類型。
1.3 試驗地點周圍的相關生物種類。
1.4 試驗地點的生態環境對該轉基因微生物的存活、繁殖、擴散和傳播的有利或不利因素，特別是環境中其它生物從該轉基因微生物獲得目的基因的可能性。
2 試驗設計
2.1 試驗的起止時間。
2.2 轉基因微生物的名稱或編號。
2.3 轉基因微生物在各試驗地點的規模。
2.4 試驗區域的大小。
2.5 轉基因微生物的應用。
2.6 轉基因微生物的生產、包裝及貯運至試驗地方式。
2.7 轉基因微生物的使用方法及劑量，未使用的部分的處置方式。
3 安全控制措施
3.1 試驗生物的安全隔離。
3.1.1 隔離方式、隔離距離；
3.1.2 防止轉基因微生物擴散的措施；
3.1.3 試驗過程的安全控制措施；
3.1.4 試驗過程中出現意外事故的應急措施。
3.2 試驗生物的培養和試驗結束后的處理方式。
3.3 試驗結束后對試驗場所的監控措施。
3.4 試驗結束后的監控年限。
3.5 試驗的監控負責人及其聯系方式。
(三) 其他轉基因微生物各階段申報要求
1 中間試驗的報告要求
1.1 項目名稱：應包含目的基因名稱、轉基因微生物名稱、試驗所在省（市、自治區）名稱和試驗階段名稱四個部分。如：轉***基因***（微生物名稱）在河南省的中間試驗。
1.2 試驗轉基因微生物材料數量：一份報告書中菌株不超過20個。這些菌株應當是由同一種受體微生物(受體菌株不超過5個)、相同的目的基因、相同的基因操作所獲得的，而且每個轉基因菌株都應有明確的名稱或編號。
1.3 試驗地點和規模：不超過2個省(市、區)，每省不超過3個點。總規模不超過100升（公斤）發酵產品（樣品）或者陸地面積不超過4畝。試驗地點應當明確試驗所在的省（市、自治區）、縣（市）、鄉、村。
1.4 試驗年限：一般為一至二年。
1.5 報告中間試驗一般應當提供以下相關附件資料：
1.5.1 目的基因的核苷酸序列或其推導的氨基酸序列；
1.5.2 目的基因與載體構建的圖譜；
1.5.3 試驗地點的位置圖和試驗隔離圖；
1.5.4 試驗設計(包括安全評價的主要指標和研究方法等，如轉基因微生物的穩定性、競爭性、生存適應能力等)。
2 環境釋放的申報要求
2.1 項目名稱：應包含目的基因名稱、轉基因微生物名稱、試驗所在省（市、自治區）名稱和試驗階段名稱四個部分。如轉***基因***（微生物名稱）在江蘇省和河北省的環境釋放。
2.2 試驗轉基因微生物材料數量：一份申報書中菌株不超過5個，這些菌株應當是由同一種受體微生物、相同的目的基因、相同的基因操作所獲得的，其名稱或編號應與中間試驗階段的相對應。
2.3 試驗地點和規模：不超過2個省(市、自治區)，每省不超過5個點。總規模為100～1000升（公斤）發酵產品（樣品）或者陸地面積為4～30畝。試驗地點應當明確試驗所在的省（市、自治區）、縣（市）、鄉、村。
2.4 試驗年限：一次申請環境釋放的期限一般為一至二年。
2.5 申請環境釋放一般應當提供以下相關附件資料：
2.5.1 目的基因的核苷酸序列或其推導的氨基酸序列圖；
2.5.2 目的基因與載體構建的圖譜；
2.5.3 提供中間試驗階段安全性評價試驗報告；
2.5.4 毒理學檢測報告(如急性、亞急性、慢性實驗，致突變、致畸變試驗等)；
2.5.5 試驗地點的位置圖和試驗隔離圖；
2.5.6 試驗設計(包括安全評價的主要指標和研究方法等，如轉基因微生物的穩定性、競爭性、生存適應能力等)。
3 生產性試驗的申報要求
3.1 項目名稱：應包含目的基因名稱、轉基因微生物名稱、試驗所在省（市、自治區）名稱和試驗階段名稱四個部分。如轉***基因***（微生物名稱）在山東省的生產性試驗。
3.2 試驗轉基因微生物材料數量：一份申報書只能申請1個轉基因微生物株系（品系），其名稱應與前期試驗階段的名稱或編號相對應。
3.3 試驗地點和規模：應在批準進行過環境釋放的省（市、自治區）進行，不超過2個省(市、自治區)，每個省不超過3個點。總規模大于1000升（公斤）發酵產品（樣品）或者陸地面積大于30畝。試驗地點應當明確試驗所在的省（市、自治區）、縣（市）、鄉、村。
3.4 試驗年限：一次申請生產性試驗的期限一般為一至兩年。
3.5 申請生產性試驗一般應當提供以下相關附件資料：
3.5.1 目的基因的核苷酸序列或其推導的氨基酸序列圖；
3.5.2 目的基因與載體構建的圖譜；
3.5.3 環境釋放階段審批書的復印件；
3.5.4 中間試驗和環境釋放階段安全性評價試驗的總結報告；
3.5.5 食品安全性檢測報告(如急性、亞急性、慢性實驗，致突變、致畸變實驗等毒理學報告)；
3.5.6 通過監測，目的基因或轉基因微生物向環境中轉移情況的報告；
3.5.7 試驗地點的位置圖和試驗隔離圖；
3.5.8 試驗設計 (包括安全評價的主要指標和研究方法等，如轉基因微生物的穩定性、競爭性、生存適應能力、外源基因在靶動物體內的表達和消長關系等)。
4 安全證書的申報要求
4.1 項目名稱：應包含目的基因名稱、轉基因微生物名稱、安全證書應用所在省（市、自治區）名稱等部分。如：轉***基因***（微生物名稱）在***省(市、區)的安全證書。
4.2 一份申報書只能申請1個轉基因微生物株系（品系），其名稱和編號應當與前期試驗階段的相對應。
4.3 一個轉基因微生物株系（品系）應在已批準生產性試驗的1個省級行政區域申請一個安全證書。
4.4 一次申請安全證書的使用期限一般不超過五年。
4.5 申請安全證書一般應當提供以下相關附件資料：
4.5.1 目的基因的核苷酸序列或其推導的氨基酸序列；
4.5.2 目的基因、載體圖譜與轉基因微生物構建的技術路線；
4.5.3 環境釋放和生產性試驗階段審批書的復印件；
4.5.4 中間試驗、環境釋放和生產性試驗階段安全性評價試驗總結報告；
4.5.5 轉基因微生物對人體健康、環境和生態安全影響的綜合性評價報告；
4.5.6 該類轉基因微生物在國內外生產應用的概況；
4.5.7 轉基因微生物檢測鑒定技術；
4.5.8 轉基因微生物的長期環境影響監控方法；
4.5.9 審查所需的其它相關資料。
4.6 申請安全證書的轉基因微生物應當經農業部批準進行生產性試驗，并在試驗結束后方可申請。
