近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所茶樹遺傳育種團隊基于‘龍井43’基因組參考序列和茶樹重測序數(shù)據(jù)，開發(fā)出一款200K茶樹SNP芯片。
該芯片是首款茶樹高密度SNP芯片，以‘龍井43’（♀）和‘白毫早’（♂）F1群體為材料，該芯片能夠?qū)?8226個SNP位點繪入圖譜，獲得5325個bin-marker，連鎖圖譜總長度為2107.01cM，相鄰標(biāo)記平均遺傳圖距為0.39cM，構(gòu)建了目前遺傳密度最高的連鎖圖譜。
實驗驗證表明，該芯片可以有效定位關(guān)鍵QTL位點，發(fā)掘茶樹重要功能基因。利用其對不同茶樹品種的SNP分型研究，發(fā)現(xiàn)茶樹大葉種和小葉種之間的兩個強選擇位點，這為揭示茶樹品質(zhì)調(diào)控關(guān)鍵基因和兩個變種間的進化關(guān)系有重要意義。
相關(guān)論文以“Development of a genome-wide 200K SNP array and its application for high-density genetic mapping and origin analysis of Camellia sinensis”為題，發(fā)表在植物學(xué)領(lǐng)域頂尖期刊Plant Biotechnology Journal雜志上。
中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所為該論文第一完成單位，韋康研究員、王新超研究員等為共同第一作者，成浩研究員、王麗鴛研究員為共同通訊作者。麗水市農(nóng)林科學(xué)研究院、云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所等單位也參加本研究。本研究得到了國家重點研發(fā)項目、院創(chuàng)新工程、國家自然科學(xué)基金和浙江省農(nóng)業(yè)新品種重大選育專項等項目的支持。
原文鏈接：https://doi.org/10.1111/PBI.13761
日期：2021-12-15
該芯片是首款茶樹高密度SNP芯片，以‘龍井43’（♀）和‘白毫早’（♂）F1群體為材料，該芯片能夠?qū)?8226個SNP位點繪入圖譜，獲得5325個bin-marker，連鎖圖譜總長度為2107.01cM，相鄰標(biāo)記平均遺傳圖距為0.39cM，構(gòu)建了目前遺傳密度最高的連鎖圖譜。
實驗驗證表明，該芯片可以有效定位關(guān)鍵QTL位點，發(fā)掘茶樹重要功能基因。利用其對不同茶樹品種的SNP分型研究，發(fā)現(xiàn)茶樹大葉種和小葉種之間的兩個強選擇位點，這為揭示茶樹品質(zhì)調(diào)控關(guān)鍵基因和兩個變種間的進化關(guān)系有重要意義。
相關(guān)論文以“Development of a genome-wide 200K SNP array and its application for high-density genetic mapping and origin analysis of Camellia sinensis”為題，發(fā)表在植物學(xué)領(lǐng)域頂尖期刊Plant Biotechnology Journal雜志上。
中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所為該論文第一完成單位，韋康研究員、王新超研究員等為共同第一作者，成浩研究員、王麗鴛研究員為共同通訊作者。麗水市農(nóng)林科學(xué)研究院、云南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所等單位也參加本研究。本研究得到了國家重點研發(fā)項目、院創(chuàng)新工程、國家自然科學(xué)基金和浙江省農(nóng)業(yè)新品種重大選育專項等項目的支持。
原文鏈接：https://doi.org/10.1111/PBI.13761
日期：2021-12-15
