近日，中國熱科院椰子所聯合華大基因完成了檳榔（Areca catechu L.）基因組測序拼接及序列分析工作，全球首次完成及公布海南檳榔全基因組測序。
在這項研究中，通過Illumina和PacBio數據與Hi-C映射技術相結合，完成了“熱研1號”檳榔染色體水平的參考基因組組裝，檳榔基因組大小為2.51Gb，scaffold N50為1.7Mb，通過Hi-C輔助組裝技術進一步組裝成16個染色體的基因組，N50為172Mb。
研究分析發現，檳榔基因組包含31,571個蛋白質編碼基因，92.92%的基因獲得功能注釋，參與檳榔堿、黃酮類、花青素、單萜類及其衍生物生物合成的基因家族呈現不同程度的富集和擴張。檳榔全基因組的發布開啟了檳榔后基因組時代，“熱研1號”檳榔參考基因組將為檳榔個體的重測序、功能基因的挖掘（抗病、優質、特異）和重要品質（軟纖維、高檳榔堿等）形成機理研究、全基因組關聯分析等提供了重要的參考體系，對檳榔分子生物學研究和加快育種步伐具有里程碑意義。
研究成果Chromosome-scale genome assembly of areca palm （Areca catechu）在線發表于中科院JCR一區期刊《Molecular Ecology Resources》。中國熱科院椰子所楊耀東研究員、黃麗云副研究員和華大基因許春艷為論文共同第一作者，椰子所覃偉權研究員為通訊作者。
該項研究工作得到了中央級公益性科研院所基本科研業務費和物種保護等項目的支持。
文章鏈接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13446
日期：2021-08-03
在這項研究中，通過Illumina和PacBio數據與Hi-C映射技術相結合，完成了“熱研1號”檳榔染色體水平的參考基因組組裝，檳榔基因組大小為2.51Gb，scaffold N50為1.7Mb，通過Hi-C輔助組裝技術進一步組裝成16個染色體的基因組，N50為172Mb。
研究分析發現，檳榔基因組包含31,571個蛋白質編碼基因，92.92%的基因獲得功能注釋，參與檳榔堿、黃酮類、花青素、單萜類及其衍生物生物合成的基因家族呈現不同程度的富集和擴張。檳榔全基因組的發布開啟了檳榔后基因組時代，“熱研1號”檳榔參考基因組將為檳榔個體的重測序、功能基因的挖掘（抗病、優質、特異）和重要品質（軟纖維、高檳榔堿等）形成機理研究、全基因組關聯分析等提供了重要的參考體系，對檳榔分子生物學研究和加快育種步伐具有里程碑意義。
研究成果Chromosome-scale genome assembly of areca palm （Areca catechu）在線發表于中科院JCR一區期刊《Molecular Ecology Resources》。中國熱科院椰子所楊耀東研究員、黃麗云副研究員和華大基因許春艷為論文共同第一作者，椰子所覃偉權研究員為通訊作者。
該項研究工作得到了中央級公益性科研院所基本科研業務費和物種保護等項目的支持。
文章鏈接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13446
日期：2021-08-03
