近日，中國(guó)熱科院椰子所聯(lián)合華大基因完成了檳榔（Areca catechu L.）基因組測(cè)序拼接及序列分析工作，全球首次完成及公布海南檳榔全基因組測(cè)序。
在這項(xiàng)研究中，通過(guò)Illumina和PacBio數(shù)據(jù)與Hi-C映射技術(shù)相結(jié)合，完成了“熱研1號(hào)”檳榔染色體水平的參考基因組組裝，檳榔基因組大小為2.51Gb，scaffold N50為1.7Mb，通過(guò)Hi-C輔助組裝技術(shù)進(jìn)一步組裝成16個(gè)染色體的基因組，N50為172Mb。
研究分析發(fā)現(xiàn)，檳榔基因組包含31,571個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，92.92%的基因獲得功能注釋，參與檳榔堿、黃酮類、花青素、單萜類及其衍生物生物合成的基因家族呈現(xiàn)不同程度的富集和擴(kuò)張。檳榔全基因組的發(fā)布開啟了檳榔后基因組時(shí)代，“熱研1號(hào)”檳榔參考基因組將為檳榔個(gè)體的重測(cè)序、功能基因的挖掘（抗病、優(yōu)質(zhì)、特異）和重要品質(zhì)（軟纖維、高檳榔堿等）形成機(jī)理研究、全基因組關(guān)聯(lián)分析等提供了重要的參考體系，對(duì)檳榔分子生物學(xué)研究和加快育種步伐具有里程碑意義。
研究成果Chromosome-scale genome assembly of areca palm （Areca catechu）在線發(fā)表于中科院JCR一區(qū)期刊《Molecular Ecology Resources》。中國(guó)熱科院椰子所楊耀東研究員、黃麗云副研究員和華大基因許春艷為論文共同第一作者，椰子所覃偉權(quán)研究員為通訊作者。
該項(xiàng)研究工作得到了中央級(jí)公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)和物種保護(hù)等項(xiàng)目的支持。
文章鏈接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13446
日期：2021-08-03
在這項(xiàng)研究中，通過(guò)Illumina和PacBio數(shù)據(jù)與Hi-C映射技術(shù)相結(jié)合，完成了“熱研1號(hào)”檳榔染色體水平的參考基因組組裝，檳榔基因組大小為2.51Gb，scaffold N50為1.7Mb，通過(guò)Hi-C輔助組裝技術(shù)進(jìn)一步組裝成16個(gè)染色體的基因組，N50為172Mb。
研究分析發(fā)現(xiàn)，檳榔基因組包含31,571個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，92.92%的基因獲得功能注釋，參與檳榔堿、黃酮類、花青素、單萜類及其衍生物生物合成的基因家族呈現(xiàn)不同程度的富集和擴(kuò)張。檳榔全基因組的發(fā)布開啟了檳榔后基因組時(shí)代，“熱研1號(hào)”檳榔參考基因組將為檳榔個(gè)體的重測(cè)序、功能基因的挖掘（抗病、優(yōu)質(zhì)、特異）和重要品質(zhì)（軟纖維、高檳榔堿等）形成機(jī)理研究、全基因組關(guān)聯(lián)分析等提供了重要的參考體系，對(duì)檳榔分子生物學(xué)研究和加快育種步伐具有里程碑意義。
研究成果Chromosome-scale genome assembly of areca palm （Areca catechu）在線發(fā)表于中科院JCR一區(qū)期刊《Molecular Ecology Resources》。中國(guó)熱科院椰子所楊耀東研究員、黃麗云副研究員和華大基因許春艷為論文共同第一作者，椰子所覃偉權(quán)研究員為通訊作者。
該項(xiàng)研究工作得到了中央級(jí)公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)和物種保護(hù)等項(xiàng)目的支持。
文章鏈接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13446
日期：2021-08-03
