2013年11月29日，臺灣地區"衛生福利部"發布部授疾字第1020103474號令，修正發布"傳染病防治法施行細則"第3條、第10條、第14條至第16條；增訂第5條之1條文。全部條文如下：
第一條 本細則依傳染病防治法（以下簡稱本法）第七十六條規定訂定。
第二條 本法所稱預防接種，指為達預防疾病發生或減輕病情的目的，將疫苗施于人體的措施。
本法所稱疫苗，指配合預防接種或防疫需要的主動及被動免疫制劑。
第三條 本法所定調，其具體措施如下：
一、疫情調查：為了解經通報的傳染病個案的感染地、接觸史、旅游史及有無疑似病例所為的各種措施。
二、流行病學調查：為了解傳染病發生的原因、流行狀況及傳染模式所為的各種措施。
三、病媒調查：為了解地區病媒的種類、密度及其消長等所為的各種措施。
四、其它調查：前三款調查以外，為了解傳染病等發生的狀況及原因，所為的各種措施。
第四條 本法所稱檢驗，指為確定診斷或分析疫情，由實驗室就相關檢體進行化驗、鑒定或其它必要的檢查等行為。
第五條 本法所稱疫區，指有傳染病流行或有疫情通報，經"中央"或地方主管機關依本法第八條第一項規定發布的國際疫區或境內疫區。
第五條之一 本法第九條所定傳播媒體的范圍，包括平面或電子新聞媒體、因特網，及以有線、無線、衛星或其它電子傳輸設施傳送聲音、影像、文字或數據者。
本法第九條所定錯誤或不實訊息的發表人，包括自然人及法人在內。
第六條 本法第二十三條所稱各種已經證實媒介傳染病的飲食物品、動物或動物尸體，指經主管機關調查或檢驗其可致傳染于人者。
第七條 地方主管機關依本法第二十五條第二項規定所為的通知，應以書面為之。但情況急迫者，不在此限。
第八條 地方主管機關依本法第三十八條規定所為的通知，得以書面、言詞或電子數據傳輸等方式為之。
第九條 未經指定為隔離治療機構的醫療機構，發現各類應隔離治療的傳染病病人，應配合各級主管機關依本法第四十四條第一項規定所為處置，依醫療法等相關法令規定進行轉診事宜。
第十條 本法第四十四條第三項所定由"中央"主管機關支應的各類傳染病病人施行隔離治療的費用，指比照全民健康保險醫療服務給付項目及支付標準核付的醫療費用及隔離治療機構的膳食費。
負擔家計的傳染病病人，因隔離治療致影響其家計者，主管機關得協調社會福利等有關主管機關依社會救助法等相關法令予以救助。
第十一條 主管機關依本法第四十八條第一項規定為留驗、檢查或施行預防接種等必要處置時，應注意當事人的身體及名譽，并不得逾必要的程度。
第十二條 醫事機構或該管主管機關依本法第四十九條規定施行必要的消毒或其它適當的處置時，應依傳染病種類及其傳染特性，于傳染病病人原居留的病房或住（居）所內外，對可能受到體液、分泌物與排泄物污染的場所及物品，或潛在可能具有傳染性的病媒，執行清潔、消毒、殺菌、滅蟲及進行具感染性廢棄物的清理等相關措施。
第十三條 醫事機構依本法第五十條第一項規定施行消毒及其它必要處置時，應依感染控制相關規定，對因傳染病或疑似傳染病致死的尸體，施予終末消毒；相關人員于執行臨終護理、終末消毒、尸體運送、病理解剖及入殮過程中，應著個人防護衣具，以防范感染；主管機關處置小區內因傳染病或疑似傳染病致死的尸體時，亦同。
前項尸體，如系因疑似第一類傳染病或第五類傳染病所致者，應先以具防護功能的尸袋包覆，留置適當場所妥善冰存，并盡速處理。
第十四條 本法第五十條第四項所定二十四小時之起算時點如下：
一、尸體經"中央"主管機關依本法第五十條第二項規定施行病理解剖者，自解剖完成時起算。
二、無前款情形者，自醫師開具死亡證明書或檢察機關開具相驗尸體證明書時起算。
本法第五十條第四項所稱依規定深埋，指深埋的棺面應深入地面一公尺二十公分以下。
第十五條 "中央"主管機關依第五十條第二項、第三項規定施行病理解剖檢驗前，應會同地方主管機關確實與死者家屬充分溝通，始得作成傳染病或疑似傳染病尸體病理解剖檢驗通知書，或疑似預防接種致死尸體病理解剖檢驗通知書，送達死者家屬。
第十六條 "中央"主管機關為因應傳染病防治需要，得委任所屬疾病管制署辦理下列事項：
一、依本法第三十四條規定的感染性生物材與實驗室生物安全管理事項。
二、依本法第三十九條第四項規定要求醫事機構、醫師或法醫師限期提供傳染病病人或疑似疫苗接種后產生不良反應個案的相關數據。
三、本法第五十條第二項、第三項規定的傳染病或疑似傳染病，或疑似預防接種致死尸體的病理解剖檢驗相關事項。
四、本法第五十八條至第六十條規定的國際及指定特殊港埠檢疫相關事項。
第十七條 本細則自發布日施行。
日期：2013-12-11
